
Shin Megami Tensei: Nine fue publicado por Atlus y lanzado en Xbox, exclusivamente en Japón, en 2002. Formando parte de la serie Megami Tensei, Nine transcurre en el periodo de tiempo entre Shin Megami Tensei y su secuela, con los supervivientes de la destrucción de Tokio refugiándose en búnkeres subterráneos. Adoptando el rol de un depurador, el jugador navega por el mundo virtual Idea Space establecido por los supervivientes de la destrucción de Tokio, el cual ha sido atacado por seres demoníacos llamados "noise". El juego consiste en que el jugador navegue con un avatar personalizado en tercera persona a través del mundo virtual de Tokio, luchando contra enemigos usando un sistema de combate en tiempo real basado en comandos. A pesar de su título, es el octavo juego de la serie Megami Tensei. El título del juego se refiere en realidad al número de alineamientos morales posibles disponibles para los jugadores.
Nine se desarrolla en el año "202X", durante la segunda mitad de Shin Megami Tensei y en el periodo que conduce a su secuela Shin Megami Tensei II. Tras el ataque de ICBM en Tokio, las comunidades de sobrevivientes ahora viven en ciudades subterráneas. Frente a su situación, los habitantes subterráneos crean "Idea Space", un mundo virtual basado en Tokio de los años 90. El protagonista, cuyo nombre por defecto es Kei Azuma, está explorando el mundo virtual cuando aparece "Noise", demonios digitalizados hostiles a los humanos, y comienzan a atacar a los jugadores de Idea Space a través de sus avatares. Tras repeler un ataque, Azuma es contratado por la Oficina de Administración Central como Debugger, un jugador que recorre Idea Space y repela las invasiones de Noise. Durante sus misiones en Idea Space, Azuma se cruza con múltiples personajes: Baraki/Sumire, una amiga de la infancia que representa "Caos", y Mubiora/Miranda, una representante de la Oficina de Administración Central que representa "Ley". Mientras cumple con sus obligaciones como Debugger, ocurren los eventos de la segunda mitad de Shin Megami Tensei, los cuales culminan con la destrucción de todas las partes de Tokio en una Gran Inundación provocada por la Orden del Mesías, que adora a Dios: Azuma sobrevive debido a que su cuerpo está en almacenamiento criogénico, lo que significa que su mente se enlaza con Idea Space junto con sus aliados de Ley y Caos. Durante una misión en el virtual Shibuya 109 contra el demonio Noise Abaddon, se revelan los verdaderos orígenes de Idea Space. Idea Space fue creado por humanos cansados de esperar la llegada de su "Mesías" en el mundo real: con la esperanza de traer la salvación mediante la tecnología, los humanos crearon Idea Space y generaron a María como su diosa y administradora para impulsar la creación del Reino Milenario manipulando a sus usuarios. Durante su misión en Shibuya 109, Azuma recupera un Disco de Deseo, un artefacto que contiene los deseos guardados de la humanidad y que es la clave de los planes de ambas facciones. Azuma se enfrenta a decisiones sobre qué facción apoyar. La facción de la Ley, respaldada por María, desea traer paz a la humanidad junto con liberar a los habitantes de Idea Space. La facción del Caos, que puede ser liderada por Lucifer si es liberado de su prisión dentro de un plano metafísico llamado la Expanse, pretende destruir a los habitantes de Idea Space y comenzar de nuevo con el elegido Adán y Eva: Azuma y su compañero de Caos. Para cumplir cualquiera de sus roles elegidos, Azuma debe vencer a Yaldabaoth, el controlador de Idea Space que mantiene el sistema en marcha y no permitirá que ni María ni Lucifer lleven a cabo sus planes. En ambas rutas de Ley y Caos, con la derrota de Yaldabaoth, todo Idea Space se vacía de avatares excepto el de Azuma. Al regresar al mundo real, están en la superficie junto con su compañero de Ley o Caos, con Tokio Milenario construido por el Mesías en el fondo: dependiendo de la alineación, Azuma o bien va a reforzar el régimen basado en la Ley, o bien a comenzar una nueva humanidad basada en el Caos fuera de él. En las rutas "Neutrales", Azuma realiza tareas para una misteriosa mujer que cuida una tienda en Idea Space: la mujer es la diosa Sofía, quien fue obligada a reencarnar como humana por el pecado de haber dado a luz a Yaldabaoth: ha estado ayudando a Azuma en su lucha contra Yaldabaoth para expiar su pecado y ascender. Azuma vence tanto a Yaldabaoth como a María, permitiendo que Sofía se convierta en su verdadero ser y ascienda, dejando el destino de quienes están dentro de Idea Space ambiguo.
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