
Shin Megami Tensei: Nine è stato pubblicato da Atlus e rilasciato sull'Xbox, esclusivamente in Giappone, nel 2002. Fa parte della serie Megami Tensei, Nine si svolge nel periodo tra Shin Megami Tensei e il suo seguito, con i sopravvissuti alla distruzione di Tokyo che si rifugiano in bunker sotterranei. Interpretando il ruolo di un debugger, il giocatore esplora l'idea Space, un mondo virtuale creato dai sopravvissuti alla distruzione di Tokyo, che è stato attaccato da esseri demoniaci chiamati "noise". Il gameplay prevede che il giocatore controlli un avatar personalizzato in terza persona nel mondo virtuale di Tokyo, combattendo nemici utilizzando un sistema di battaglia in tempo reale basato su comandi. Nonostante il titolo, è l'ottavo gioco della serie Megami Tensei. Il titolo del gioco si riferisce invece al numero di possibili allineamenti morali disponibili ai giocatori.
Nine è ambientato nell'anno "202X", avvenendo durante la seconda metà di Shin Megami Tensei e nel periodo che precede il suo sequel Shin Megami Tensei II. Dopo l'attacco con ICBM a Tokyo, le comunità di sopravvissuti vivono ora in città sotterranee. Di fronte alla loro situazione, gli abitanti sotterranei creano "Idea Space", un mondo virtuale basato su Tokyo degli anni '90. Il protagonista, chiamato di default Kei Azuma, sta esplorando il mondo virtuale quando appaiono i "Noise", demoni digitalizzati ostili agli umani, che iniziano ad attaccare i giocatori di Idea Space attraverso i loro avatar. Dopo aver respinto un attacco, Azuma viene assunto dall'Ufficio Amministrazione Centrale come Debugger, un giocatore che si muove in Idea Space e respinge le invasioni dei Noise. Durante le loro missioni in Idea Space, Azuma incontra diversi personaggi: Baraki/Sumire, un'amica d'infanzia che rappresenta "Chaos", e Mubiora/Miranda, una rappresentante dell'Ufficio Amministrazione Centrale che rappresenta "Law". Mentre svolge i propri doveri da Debugger, avvengono gli eventi della seconda metà di Shin Megami Tensei, che culminano nella distruzione di tutte le parti di Tokyo in un Grande Allagamento scatenato dall'Ordine del Messia che adora Dio: Azuma sopravvive perché il suo corpo è in conservazione criogenica, il che significa che la sua mente diventa collegata a Idea Space insieme ai suoi alleati di Law e Chaos. Durante una missione nel virtuale Shibuya 109 contro il demone Noise Abaddon, vengono rivelate le vere origini di Idea Space. Idea Space è stato creato da umani stanchi di attendere l'arrivo del loro "Messia" nel mondo reale: sperando di portare la salvezza attraverso la tecnologia, gli umani hanno creato l'Idea Space e hanno generato Maria come sua dea e amministratrice per promuovere la creazione del Regno Millennale manipolando i suoi utenti. Nella missione a Shibuya 109, Azuma recupera un Disco del Desiderio, un artefatto che contiene i desideri salvati dell'umanità e che è la chiave per i piani di entrambi i lati. Azuma deve affrontare scelte su quale fazione supportare. La fazione Law, sostenuta da Maria, desidera portare la pace all'umanità insieme al rilascio degli abitanti di Idea Space. La fazione Chaos, che può essere guidata da Lucifero se liberato dalla sua prigione all'interno di un piano metafisico chiamato l'Espanso, intende distruggere gli abitanti di Idea Space e ricominciare da capo con l'Adam ed Eva scelti: Azuma e il compagno Chaos. Per svolgere qualsiasi ruolo scelto, Azuma deve sconfiggere Yaldabaoth, il controllore di Idea Space che mantiene il sistema in funzione e non permetterà né a Maria né a Lucifero di portare a termine i loro piani. In entrambe le trame di Law e Chaos, con la sconfitta di Yaldabaoth, l'intero Idea Space viene svuotato di avatar, tranne Azuma. Al loro ritorno nel mondo reale, si trovano in superficie con il loro compagno Law o Chaos, con il Tokyo Millennio costruito dai Messiani in background: a seconda dell'allineamento, Azuma va a rafforzare il regime basato su Law o a iniziare una nuova umanità basata su Chaos fuori da esso. Nelle trame "Neutre", Azuma svolge compiti per una donna misteriosa che gestisce un negozio in Idea Space: la donna è la dea Sophia, che è stata costretta a reincarnarsi come umana per il peccato di aver generato Yaldabaoth: lei ha aiutato Azuma a sconfiggere Yaldabaoth per espiare il suo peccato e ascendere. Azuma sconfigge sia Yaldabaoth che Maria, permettendo a Sophia di diventare la sua vera forma e ascendere, lasciando il destino di coloro che si trovano all'interno di Idea Space ambiguo.
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