
Shin Megami Tensei : Nine a été publié par Atlus et lancé sur Xbox, exclusivement au Japon, en 2002. Faisant partie de la série Megami Tensei, Nine se déroule entre Shin Megami Tensei et sa suite, les survivants de la destruction de Tokyo s'étant réfugiés dans des bunkers souterrains. Incarnant un debugger, le joueur explore l'univers virtuel de l'Idea Space mis en place par les survivants de la destruction de Tokyo, attaqué par des entités démoniaques appelées "noise". Le gameplay consiste à naviguer en troisième personne avec un avatar personnalisé à travers le monde virtuel de Tokyo, combattant les ennemis à l'aide d'un système de combat en temps réel basé sur des commandes. Malgré son titre, il s'agit en réalité du huitième jeu de la série Megami Tensei. Le titre du jeu fait référence au nombre de possibilités d'alignements moraux disponibles pour les joueurs.
Nine se déroule en l'an « 202X », durant la seconde moitié de Shin Megami Tensei et au moment des événements précédant son suite Shin Megami Tensei II. Après l'attaque par missiles balistiques intercontinentaux sur Tokyo, les communautés de survivants vivent désormais dans des villes souterraines. Face à cette situation, les habitants souterrains créent l'« Idea Space », un monde virtuel basé sur Tokyo des années 1990. Le protagoniste, nommé par défaut Kei Azuma, explore ce monde virtuel lorsqu'apparaissent les « Noise », des démons numérisés hostiles aux humains, qui attaquent les joueurs d'Idea Space par l'intermédiaire de leurs avatars. Après avoir repoussé une attaque, Azuma est embauché par le Bureau d'Administration Centrale en tant que Débogueur, un joueur qui parcourt l'Idea Space et repousse les invasions de Noise. Au cours de ses missions dans l'Idea Space, Azuma rencontre plusieurs personnages : Baraki/Sumire, une amie d'enfance qui incarne le « Chaos », et Mubiora/Miranda, une représentante du Bureau d'Administration Centrale qui incarne la « Loi ». Alors qu'il exerce ses fonctions de Débogueur, les événements de la seconde moitié de Shin Megami Tensei se déroulent, aboutissant à la destruction totale de toutes les parties de Tokyo lors d'une Grande Inondation déclenchée par l'Ordre du Messie, qui vénère Dieu : Azuma survit grâce au fait que son corps est en cryoconservation, ce qui entraîne le lien de son esprit avec l'Idea Space ainsi qu'avec ses alliés de la Loi et du Chaos. Pendant une mission dans le Shibuya 109 virtuel contre le démon Noise Abaddon, les véritables origines de l'Idea Space sont révélées. L'Idea Space a été créé par des humains fatigués d'attendre l'arrivée de leur « Messie » dans le monde réel : espérant apporter la salut par la technologie, les humains ont créé l'Idea Space et ont généré Maria en tant que sa déesse et administratrice, dans le but de promouvoir la création du Millénaire Kingdom en manipulant ses utilisateurs. Au cours de sa mission dans Shibuya 109, Azuma récupère un Disque de Désir, un artefact contenant les désirs sauvegardés de l'humanité, clé des plans des deux factions. Azuma est confronté à des choix sur la faction à soutenir. La faction de la Loi, soutenue par Maria, souhaite apporter la paix à l'humanité ainsi que libérer les habitants de l'Idea Space. La faction du Chaos, qui peut être dirigée par Lucifer s'il est libéré de sa prison située dans un plan métaphysique appelé l'Expanse, a pour intention de détruire les habitants de l'Idea Space et de tout recommencer avec les Adam et Ève élus : Azuma et son allié du Chaos. Pour remplir l'un de ses rôles choisis, Azuma doit battre Yaldabaoth, le contrôleur de l'Idea Space qui maintient le système en marche et qui ne permettra ni à Maria ni à Lucifer d'accomplir leurs plans. Dans les deux routes de la Loi et du Chaos, après la défaite de Yaldabaoth, l'ensemble de l'Idea Space est vidé de ses avatars, à l'exception d'Azuma. En revenant dans le monde réel, il se retrouve à la surface avec soit son allié de la Loi, soit son allié du Chaos, avec le Tokyo Millénaire construit par le Messie en arrière-plan : selon l'alignement, Azuma part soit renforcer le régime basé sur la Loi, soit commencer une nouvelle humanité basée sur le Chaos en dehors de ce régime. Dans les routes « Neutres », Azuma effectue des tâches pour une femme mystérieuse qui tient un magasin dans l'Idea Space : cette femme est la déesse Sophia, qui a été contrainte de se réincarner en humaine pour le péché d'avoir engendré Yaldabaoth : elle a aidé Azuma dans sa quête contre Yaldabaoth pour expier son péché et s'élever. Azuma défait à la fois Yaldabaoth et Maria, permettant à Sophia de redevenir elle-même et de s'élever, laissant le sort de ceux qui se trouvent dans l'Idea Space incertain.
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