
Les joueurs commenceront en incarnant Overlord Laharl, un jeune prince démoniaque qui vient de se réveiller d'un sommeil de deux ans et découvre que son père, qui était roi, est décédé. Afin de reprendre son titre légitime de Roi du Monde Inférieur, Laharl entreprend une aventure démoniaque, mais il devra compter sur un serviteur qui le trahit dans son dos, un ange amoureux et quelques pingouins mécontents à la recherche d'ennuis.
L'histoire de Disgaea commence avec Laharl qui sort d'un cercueil ouvert dans sa chambre. Etna, l'une des vassales du château, se tient à ses côtés, entourée d'armes diverses. Elle explique qu'il a dormi pendant deux ans, bien plus longtemps qu'il ne l'avait prévu, et que son père, le roi Krichevskoy, est mort. Laharl jure de reprendre le trône, et, après avoir consulté Etna et ses autres vassales, il se rend au château de Vyers. Après avoir vaincu le démon Vyers, qui se fait appeler le « Dark Adonis » et est rebaptisé « Mid-Boss » par Laharl, il rencontre Flonne, apprentie ange. Flonne avait été envoyée dans l'Enfer par Seraph Lamington, le dirigeant de Célestia, pour assassiner le roi Krichevskoy (déjà mort). Choquée par l'absence de chagrin de Laharl face à la mort de son père, Flonne, toujours optimiste, rejoint Laharl pour déterminer si les démons sont capables d'éprouver de l'amour. En secret, l'archange paranoïaque Vulcanus observe leurs actions, interprétant les gestes de Flonne comme un acte de trahison et persuadé qu'elle comploterait contre lui. Après qu'Etna exige que Laharl paie le salaire des Prinnies qu'elle a engagés, il décide d'attaquer le démon le plus riche des environs. Il s'agit de Hoggmeiser, au Palais de Dinero. Après avoir vaincu Hoggmeiser, Laharl s'apprête à le tuer, jusqu'à ce que le fils de Hoggmeiser arrive et se mette devant lui. Flonne convainc Laharl de les épargner, et Laharl leur permet de garder une partie de l'argent. En réponse à cet acte, Hoggmeiser rejoint le groupe. À un moment donné, Flonne et Etna découvrent une photo de Laharl dans une situation embarrassante. Laharl la qualifie de « cliché pris par un photographe indésirable », mais le contenu réel de la photo n'est jamais révélé. Une menace sur l'arrière de la photo indique que des copies en seraient distribuées si Laharl ne relevait pas le défi de combattre pour la souveraineté ; Laharl est donc menacé. Répondant à ce défi, Laharl rencontre Maderas, un vampire. Il avait été banni par le roi Krichevskoy pour avoir volé son snack favori, les beignets noirs. Maderas profite des deux plus grandes faiblesses de Laharl : l'optimisme et les femmes aux corps sexy. Maderas contrôlait également Etna en retenant son souvenir. Il lui avait ordonné de tuer le prince, mais elle l'avait endormi pendant deux ans en l'empoisonnant. Etna finit par trahir Maderas, et avec Laharl, Flonne et Mid-Boss, elle le défait. Plus tard, en se réveillant la nuit, Flonne découvre que plusieurs Prinnies chantent et quittent le château. Laharl, inquiet que sa réputation soit ternie si l'on découvre qu'il a laissé ses vassaux s'échapper, les poursuit le lendemain matin. Finalement, il tombe sur Death, et le joueur découvre que Big Sis Prinny est en réalité la mère de Laharl ; elle est devenue un Prinny car elle a sacrifié sa vie pour le sauver.