
Die Spieler übernehmen zunächst die Rolle des Overlords Laharl, einen jungen Dämonenprinzen, der gerade nach einer zweijährigen Schlafpause aufwacht und erfährt, dass sein Vater, der König, verstorben ist. Um seinen angestammten Titel als König der Unterwelt zurückzugewinnen, begibt sich Laharl auf eine dämonische Abenteuerreise, muss dies jedoch mit einem hinterhältigen Diener, einem liebeskranken Engel und ein paar gereizten Pinguinen tun, die nur Ärger suchen.
Die Geschichte von Disgaea beginnt damit, dass Laharl aus einem offenen Sarg in seinem Zimmer auftaucht. Etna, eine der Burgdienerinnen, steht neben ihm, umgeben von verschiedenen Waffen. Sie erklärt, dass er bereits zwei Jahre lang geschlafen hat, viel länger als beabsichtigt, und sein Vater, König Krichevskoy, ist gestorben. Laharl schwört, den Thron zurückzugewinnen, und nachdem er sich mit Etna und seinen anderen Dienerinnen beraten hat, macht er sich auf den Weg zu Vyers' Burg. Nachdem er den Dämon Vyers besiegt hat, der sich selbst als „Dark Adonis“ bezeichnet und von Laharl inzwischen „Mid-Boss“ genannt wird, trifft er die Engellehrling Flonne. Flonne war von Seraph Lamington, dem Herrscher von Celestia, in die Unterwelt geschickt worden, um König Krichevskoy zu töten (der bereits tot war). Vor Laharls mangelnder Trauer über den Tod seines Vaters schockiert, entschließt sich die ewig optimistische Flonne, Laharl zu begleiten, um herauszufinden, ob Dämonen überhaupt in der Lage sind, Liebe zu empfinden. Im Verborgenen beobachtet der paranoide Erzengel Vulcanus, interpretiert Flonnes Handeln als Verrat und ist davon überzeugt, dass sie gegen ihn intrigiert. Nachdem Etna Laharl verlangt, die Gehälter der Prinnies zu zahlen, die sie eingestellt hat, beschließt er, den reichsten Dämon in der Umgebung anzugreifen. Dies ist Hoggmeiser in der Burg von Dinero. Nachdem er Hoggmeiser besiegt hat, ist Laharl kurz davor, ihn zu töten, bis Hoggs Sohn hereinstürmt und sich in den Weg stellt. Flonne überzeugt Laharl, sie am Leben zu lassen, und Laharl lässt ihnen einen Teil des Geldes. Als Reaktion auf diesen Akt schließt sich Hoggmeiser der Gruppe an. Zu einem späteren Zeitpunkt entdecken Flonne und Etna ein Foto von Laharl in einer peinlichen Situation. Laharl bezeichnet dies als „Paparazzifoto“, doch der eigentliche Inhalt des Bildes wird nie enthüllt. Auf der Rückseite des Fotos steht eine Drohung, wonach Kopien davon verbreitet werden, wenn Laharl nicht auf eine Herausforderung eingeht, um die Herrschaft zu erlangen; Laharl wird also erpresst. Auf diese Herausforderung hin trifft Laharl den Vampir Maderas. Dieser wurde von König Krichevskoy verbannt, weil er sich das Lieblingsknabberei des Königs, schwarze Brezeln, gestohlen hatte. Maderas nutzt Laharls zwei größte Schwächen aus – Optimismus und Frauen mit sexy Körpern. Maderas hatte auch Etna durch die Kontrolle ihrer Erinnerung beeinflusst. Er hatte ihr befohlen, den Prinzen zu töten, doch sie hatte ihn stattdessen zwei Jahre lang durch Vergiftung zum Schlafen gebracht. Etna verrät schließlich Maderas und besiegt gemeinsam mit Laharl, Flonne und Mid-Boss diesen. Später am Abend entdeckt Flonne, dass mehrere Prinnies beten und die Burg verlassen. Laharl, der sich Sorgen macht, dass sein Ruf beschädigt wird, wenn bekannt wird, dass er seine Diener entkommen ließ, jagt ihnen am nächsten Morgen nach. Schließlich stößt er auf den Tod, und der Spieler erfährt, dass Big Sis Prinny tatsächlich Laharls Mutter ist; sie wurde zu einer Prinny, weil sie ihr Leben für ihn geopfert hat.