
I giocatori prenderanno inizialmente il controllo di Overlord Laharl, un giovane principe demone appena svegliatosi da un sonno durato due anni e che scopre che suo padre, il re, è morto. Per recuperare il suo titolo legittimo di Re del Mondo Sotterraneo, Laharl inizia un'avventura demoniaca, ma deve farlo insieme a un servo traditore, un angelo innamorato e alcuni pinguini infastiditi che cercano guai.
La storia di Disgaea inizia con Laharl che esce da un cofano aperto nella sua stanza. Etna, una delle vassalle del castello, è accanto a lui, circondata da varie armi. Lei gli spiega che ha dormito per due anni, molto più a lungo del previsto, e che suo padre, il Re Krichevskoy, è morto. Laharl giura di riconquistare il trono, e, dopo aver consultato Etna e le altre vassalle, si reca al castello di Vyers. Dopo aver sconfitto il demone Vyers, che si definisce lui stesso "Dark Adonis" e che Laharl ribattezza "Mid-Boss", incontra Flonne, un'Apprendista Angelo. Flonne era stata inviata nel Netherworld da Seraph Lamington, governatore di Celestia, per uccidere il Re Krichevskoy (che era già morto). Sconvolta per l'indifferenza di Laharl riguardo alla morte del padre, la sempre ottimista Flonne si unisce alla compagnia di Laharl per scoprire se i demoni siano in grado di provare amore. In segreto li osserva l'arcangelo paranoico Vulcanus, che interpreta le azioni di Flonne come tradimento e è convinto che lei stia complottando contro di lui. Dopo che Etna chiede a Laharl di pagare lo stipendio dei Prinnies che ha assunto, lui decide di attaccare il demone con più denaro nelle vicinanze. Si tratta di Hoggmeiser al Palazzo Dinero. Dopo aver sconfitto Hoggmeiser, Laharl è sul punto di ucciderlo, finché il figlio di Hoggmeiser non si precipita fuori e si mette tra loro. Flonne convince Laharl a risparmiarli, e Laharl permette loro di tenere parte del denaro. In risposta a questo gesto, Hoggmeiser si unisce alla compagnia. In un momento, Flonne ed Etna trovano una fotografia di Laharl in una situazione imbarazzante. Laharl la definisce una "foto scattata da paparazzi", tuttavia il contenuto effettivo della foto non viene mai rivelato. Una minaccia sul retro della foto afferma che copie della foto saranno distribuite se Laharl non accetterà una sfida per combattere per la supremazia; quindi Laharl viene estorto. Rispondendo a questa sfida, Laharl incontra Maderas, un vampiro. Fu bandito dal Re Krichevskoy per aver rubato il suo snack preferito, i pretzels neri. Maderas approfitta delle due più grandi debolezze di Laharl: l'ottimismo e le donne con corpi sexy. Maderas controllava anche Etna tenendo in ostaggio la sua memoria. L'aveva istruita ad uccidere il principe, ma lei lo aveva invece addormentato per due anni avvelenandolo. Etna alla fine tradisce Maderas, e insieme a Laharl, Flonne e Mid-Boss lo sconfigge. Svegliandosi più tardi di notte, Flonne scopre che diversi Prinnies stanno cantando e lasciando il castello. Preoccupato che la sua reputazione possa essere danneggiata se si scoprisse che ha lasciato fuggire le sue vassalle, Laharl li insegue il mattino successivo. Alla fine, incontra la Morte, e il giocatore scopre che Big Sis Prinny è in realtà la madre di Laharl; lei divenne un Prinny perché diede la sua vita per salvarlo.