
Naruto: Gekitou Ninja Taisen! 3 ist die dritte Veröffentlichung dieser Reihe. Das Spiel wurde am 3. August 2004 angekündigt und am 20. November 2004 in Japan veröffentlicht. Es umfasst die Ereignisse der Anime-Folgen von den Chunin-Prüfungen bis zum Arcus „Search for Tsunade“. Diese Veröffentlichung führt die Fähigkeit ein, während des Kampfes Formen zu wechseln, und verleiht einigen Charakteren einen zweiten Spezialangriff. Zudem baut das Spiel auf das Tag-Team-Modus von Clash of Ninja 2 auf und gewährt dem Spieler die Möglichkeit, Team-Spezialangriffe einzusetzen. Obwohl dieses Spiel ursprünglich ausschließlich in Japan veröffentlicht wurde, folgte später eine überarbeitete Version unter dem Namen Naruto: Clash of Ninja Revolution mit weniger Charakteren.