
Naruto: Gekitou Ninja Taisen! 3 est le troisième volet de cette série. Le jeu a été annoncé le 3 août 2004 et sorti au Japon le 20 novembre 2004. Le jeu couvre les événements de l'anime depuis les Examens Chunin jusqu'à l'arc de la Recherche de Tsunade. Cette version introduit la possibilité de changer de forme pendant le combat et donne à certains personnages une deuxième attaque spéciale. De plus, le jeu améliore le mode équipe introduit dans Clash of Ninja 2, permettant au joueur d'utiliser des attaques spéciales d'équipe. Bien que ce jeu ait été initialement lancé uniquement au Japon, il a ensuite bénéficié d'une version améliorée portée sous le nom de Naruto: Clash of Ninja Revolution, avec moins de personnages.