
Naruto: Gekitou Ninja Taisen! 3 è il terzo capitolo di questa serie. Il gioco è stato annunciato il 3 agosto 2004 e rilasciato in Giappone il 20 novembre 2004. Il gioco copre gli eventi dell'anime dagli Esami Chunin all'arco narrativo della ricerca di Tsunade. Questa versione introduce la possibilità di cambiare forma durante il combattimento e concede a alcuni personaggi un secondo attacco speciale. Inoltre, il gioco aggiunge nuove funzionalità alla modalità tag-team introdotta in Clash of Ninja 2, permettendo al giocatore di utilizzare attacchi speciali di squadra. Sebbene questo gioco sia stato rilasciato esclusivamente in Giappone, in seguito è stato pubblicato un porting migliorato con il nome di Naruto: Clash of Ninja Revolution con un numero ridotto di personaggi.