
Naruto: Gekitou Ninja Taisen! 3 é a terceira instalação desta série. O jogo foi anunciado em 3 de agosto de 2004 e lançado no Japão em 20 de novembro de 2004. O jogo abrange os eventos da anime desde os Exames Chunin até o arco da Busca por Tsunade. Esta instalação introduz a capacidade de mudar de forma durante o combate e dá a alguns personagens um segundo ataque especial. Além disso, o jogo expande o modo equipe do Clash of Ninja 2, permitindo ao jogador usar ataques especiais de equipe. Embora este jogo tenha sido lançado exclusivamente no Japão, posteriormente recebeu uma versão aprimorada sob o nome de Naruto: Clash of Ninja Revolution com menos personagens.