
Naruto: Gekitou Ninja Taisen! 3 es la tercera entrega de esta serie. El juego fue anunciado el 3 de agosto de 2004 y lanzado en Japón el 20 de noviembre de 2004. El juego abarca los eventos de la serie animada desde los Exámenes Chunin hasta el arco de la Búsqueda de Tsunade. Esta entrega introduce la posibilidad de cambiar de forma durante el combate y otorga a algunos personajes un segundo ataque especial. Además, el juego mejora el modo de equipo introducido en Clash of Ninja 2, permitiendo al jugador usar ataques especiales de equipo. Aunque este juego fue lanzado exclusivamente en Japón, más tarde recibió una versión mejorada bajo el nombre de Naruto: Clash of Ninja Revolution, con menos personajes.