
Dies ist eine überarbeitete Version des Spiels, das ursprünglich für die erste Sony PlayStation veröffentlicht wurde. Es wurde nur in Japan veröffentlicht.
Das Spiel beginnt damit, dass Mega Man Volnutt eine Turmruine mitten auf dem Ozean erkundet, wo er einen großen blauen Refraktor zurückgewinnt. Nachdem er die Reaverbots besiegt hat, die seinen Weg bewachen, kehrt er mit dem Luftschiff Flutter zur Ruine zurück und verlässt diese. Doch der Flutter hat Probleme mit dem Antrieb und stürzt auf die Kattelox-Insel ab. Aufgeschmissen versuchen Mega Man, Roll und Barrel, Ersatzteile zu finden, um das Luftschiff zu reparieren. Während sie sich auf der Insel befinden, greifen Piraten unter der Führung der Familie Bonne die Stadt Kattelox an und nutzen riesige mechanische Waffen bei ihrer Suche nach dem legendären Schatz der Insel. Mega Man beschließt, sich einzumischen und die Stadt zu schützen. Er besiegt die Streitkräfte der Piraten, einschließlich Tron Bonne und ihren Robotern im Stadtzentrum sowie Bon Bonne, die den Angriff auf das Rathaus leitet. Danach plant ihr Anführer Teisel Bonne einen Angriff auf die Ruinen der Clozer Woods, doch auch Mega Man besiegt ihn und schützt die Insel. Die Bürgermeisterin der Insel, Amelia, offenbart Mega Man, dass die Familie Bonne nach dem geheimen Schatz von Kattelox sucht. Legenden besagen, dass das Auffinden dieses Schatzes eine große Katastrophe für die Insel herbeiführen würde. Aufgrund besorgniserregender Aktivitäten in den Ruinen der Insel bittet Amelia Mega Man, diese zu erkunden und das verstärkte Auftreten der Reaverbots zu untersuchen.



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