
Esta es una versión mejorada del juego originalmente lanzado para la primera PlayStation de Sony. Fue lanzado únicamente en Japón.
El juego comienza con Mega Man Volnutt explorando un ruina de torre en medio del océano, donde recupera un gran refractor azul. Después de vencer a los Reaverbots que guardan su camino, regresa al portaaviones, el Flutter, y parte de la ruina. Sin embargo, el Flutter sufre problemas en el motor y aterriza de emergencia en la isla Kattelox. Varados, Mega Man, Roll y Barrel comienzan a buscar piezas para reparar el portaaviones. Mientras están en la isla, piratas liderados por la familia Bonne atacan la ciudad de Kattelox, usando armas mecánicas gigantes en su búsqueda del legendario tesoro de la isla. Mega Man decide intervenir y proteger la ciudad. Vence a las fuerzas de los piratas, incluyendo a Tron Bonne y sus robots en el área de Downtown, y a Bon Bonne, quien lidera el asedio a la Alcaldía. Después de eso, su líder Teisel Bonne planea un ataque contra las ruinas de los Bosques de Clozer, pero Mega Man también lo vence, salvando la isla. La alcaldesa de la isla, Amelia, le revela a Mega Man que la familia Bonne busca el secreto tesoro de Kattelox. Las leyendas afirman que descubrirlo traería un gran desastre para la isla. Preocupada por la actividad extraña en las ruinas de la isla, Amelia le pide a Mega Man que las explore e investigue el aumento de Reaverbots.



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