
Questo è un porting migliorato del gioco originariamente lanciato per la prima PlayStation di Sony. È stato rilasciato solo in Giappone.
Il gioco inizia con Mega Man Volnutt che esplora un rudere di una torre al centro dell'oceano, dove recupera un grande rifrattore blu. Dopo aver sconfitto i Reaverbots che lo proteggono, torna sull'aeromobile Flutter e si allontana dal rudere. Tuttavia, il Flutter ha problemi al motore e atterra di schianto sull'Isola di Kattelox. Bloccati, Mega Man, Roll e Barrel iniziano a cercare pezzi per riparare l'aeromobile. Mentre sono sull'isola, i pirati guidati dalla famiglia Bonne attaccano la città di Kattelox, utilizzando armi meccaniche gigantesche nella loro ricerca del leggendario tesoro dell'isola. Mega Man decide di intervenire per proteggere la città. Sconfigge le forze dei pirati, inclusi Tron Bonne e i suoi robot nell'area del Downtown, e Bon Bonne, che guida l'assedio al Municipio. Dopo, il loro leader Teisel Bonne pianifica un attacco ai ruderi delle Clozer Woods, ma anche lui viene sconfitto da Mega Man, salvando così l'isola. Il sindaco dell'isola, Amelia, rivela a Mega Man che la famiglia Bonne sta cercando il tesoro segreto di Kattelox. Le leggende dicono che il suo ritrovamento porterebbe un grande disastro sull'isola. Preoccupata per l'attività insolita nei ruderi dell'isola, Amelia chiede a Mega Man di esplorarli e indagare sull'aumento della presenza dei Reaverbots.



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