
Il s'agit d'une version améliorée du jeu initialement sorti pour la première PlayStation de Sony. Il a été publié uniquement au Japon.
Le jeu commence avec Mega Man Volnutt explorant les ruines d'une tour située au milieu de l'océan, où il récupère un grand réfracteur bleu. Après avoir vaincu les Reaverbots qui gardent son chemin, il retourne sur l'aéronef, le Flutter, et quitte les ruines. Cependant, le Flutter subit des problèmes moteur et s'écrase sur l'île de Kattelox. N'ayant plus d'autre choix, Mega Man, Roll et Barrel commencent à chercher des pièces pour réparer l'aéronef. Pendant leur séjour sur l'île, des pirates dirigés par la famille Bonne attaquent la ville de Kattelox, utilisant des armes mécaniques géantes dans leur quête du trésor légendaire de l'île. Mega Man décide d'intervenir pour protéger la ville. Il défait les forces des pirates, y compris Tron Bonne et ses robots dans le quartier Downtown, ainsi que Bon Bonne, qui mène le siège du siège municipal. Ensuite, leur chef, Teisel Bonne, prévoit une attaque contre les ruines des Clozer Woods, mais Mega Man le bat également, protégeant ainsi l'île. La maire de l'île, Amelia, révèle à Mega Man que la famille Bonne recherche le trésor secret de Kattelox. Selon les légendes, le découvrir entraînerait un grand désastre pour l'île. Préoccupée par une activité étrange dans les ruines de l'île, Amelia demande à Mega Man d'explorer celles-ci et d'enquêter sur la présence croissante de Reaverbots.



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