

The Plutonia Experiment ist eines der beiden offiziellen 32-Level-Doom-II-IWADs, die Final Doom bilden. Es wurde von den Brüdern Dario und Milo Casali unter Vertrag mit id Software erstellt und am 17. Juni 1996 gemeinsam mit seinem Gegenstück TNT: Evilution veröffentlicht.
In The Plutonia Experiment, nach Hell's katastrophaler Invasion der Erde, entscheiden sich die globalen Regierungen Maßnahmen gegen jede mögliche zukünftige Invasion zu ergreifen, wissend, dass die Mächte Hells immer noch stark blieben. Die UAC wird unter völlig neuer Führung neu gegründet (die alten Verwalter und Aktionäre waren sowieso alle tot) und zielt darauf ab, Werkzeuge zu entwickeln, die Dämoneninvasionen verhindern würden. Die Wissenschaftler beginnen mit der Entwicklung eines Geräts, das als Quantenbeschleuniger bekannt ist, das darauf abzielt, Invasionstore zu schließen und mögliche Invasionen zu stoppen. Die Experimente finden in einem geheimen Forschungskomplex statt, mit einer stationierten Marineabteilung. Die Arbeit scheint gut voranzugehen, doch die Kreaturen von draußen bemerken die neue Forschung. Ein Tor öffnet sich in der Mitte des Komplexes und unnatürliche Horrorgestalten strömen heraus. Der Quantenbeschleuniger leistet hervorragende Arbeit: Das Tor wird schnell geschlossen und die Invasion gestoppt. Die Forschung setzt mutiger fort. Am nächsten Tag öffnet sich ein Ring aus 7 Toren und eine noch größere Invasion beginnt. Eine Stunde lang schaffen die Quantenbeschleuniger es, 6 der Tore zu schließen, doch die Höllestruppen sind mittlerweile zu zahlreich und zu stark. Der Komplex wird überrannt. Alle werden getötet oder zu Zombies gemacht. Das letzte Tor der Hölle bleibt geöffnet, von einem Torwächter bewacht: Ein mächtiger, riesiger und alter Dämon, der die Macht hat, Dimensionstore zu öffnen und sie zu kontrollieren oder zu schützen. Die Regierung, panisch, dass der Quantenbeschleuniger zerstört oder gegen die Menschheit eingesetzt wird, befiehlt allen Marines, sofort zum Ort zu kommen. Der Spieler, der namenlose Raummarine, war gerade am Strand in Urlaub. Er war auch am nächsten am Ort und kommt als erster an. Dort stellt er fest, dass es innerhalb des Komplexes viel dämonische Aktivität gibt (Heulen, Sprechen in fremden Zungen, Maschinengeräusche); der Torwächter arbeitet offensichtlich an etwas, und seine Arbeit wird bald einen schrecklichen Höhepunkt erreichen. Er erkennt auch, dass die Marines, wenn sie ankommen, nicht in den stark infizierten Komplex vordringen können, trotz der Waffen und Unterstützung, die sie haben werden. Der Marine entscheidet sich, alleine in den Komplex einzudringen und den Torwächter zu stoppen.