

The Plutonia Experiment é um dos dois IWADs oficiais de 32 níveis de Doom II que compõem Final Doom. Foi criado pelos irmãos Dario e Milo Casali sob contrato com a id Software, e foi lançado junto com sua contraparte, TNT: Evilution, em 17 de junho de 1996.
Em The Plutonia Experiment, após a devastadora invasão do Inferno à Terra, os governos mundiais decidem tomar medidas contra qualquer possível invasão futura, sabendo que os poderes do Inferno ainda estavam fortes. A UAC é reorganizada sob uma nova administração (os antigos diretores e acionistas já estavam todos mortos de qualquer forma) e tem como objetivo desenvolver ferramentas que poderiam prevenir invasões demoníacas. Os cientistas começam a trabalhar em um dispositivo conhecido como Acelerador Quântico, que tem como intenção fechar Portas de invasão e deter possíveis ataques. Os experimentos são conduzidos em uma instalação de pesquisa secreta, com uma unidade estacionada de marines. O trabalho parece estar progredindo bem, mas as criaturas do Exterior percebem a nova pesquisa e se voltam para ela. Uma Porta abre no centro da instalação e horrores in natura saem despejando-se. O Acelerador Quântico funciona admiravelmente: a Porta é rapidamente fechada e a invasão é interrompida. A pesquisa prossegue com mais ousadia. No dia seguinte, um círculo de 7 Portas se abre e uma invasão ainda maior começa. Por uma hora, os Aceleradores Quânticos conseguem fechar 6 das Portas, mas o exército infernal tornou-se muito numeroso e forte demais. A instalação é tomada. Todos são mortos, ou zumbificados. A última Porta do Inferno permanece aberta, vigiada e protegida por um Guardião da Porta: um demônio poderoso, enorme e antigo, que possui a capacidade de abrir Portas Dimensionais e controlá-las ou protegê-las. O governo, desesperado com a possibilidade de que o Acelerador Quântico seja destruído ou usado contra a humanidade, ordena que todos os marines se desloquem imediatamente ao local. O jogador, o marine anônimo, estava de folga na praia. Ele também estava mais próximo do local e chega primeiro. Lá, ele descobre que há muita atividade demoníaca (uivos, cantos, sons de máquinas) dentro da instalação; o Guardião da Porta claramente está trabalhando em algo, e seu trabalho em breve atingirá um clímax terrível. Ele também percebe que, quando os marines chegarem, eles não conseguirão penetrar na instalação fortemente infestada, apesar do fogo de combate e do apoio que terão. O marine decide entrar na instalação e deter o Guardião da Porta sozinho.