

El Experimento de Plutonia es uno de los dos IWAD oficiales de 32 niveles de Doom II que conforman Final Doom. Fue creado por los hermanos Dario y Milo Casali bajo contrato con id Software, y fue lanzado junto con su contraparte TNT: Evilution el 17 de junio de 1996.
En The Plutonia Experiment, tras la catastrófica invasión del Infierno a la Tierra, los gobiernos globales deciden tomar medidas contra cualquier posible invasión futura, sabiendo que los poderes del Infierno aún seguían fuertes. La UAC es reorganizada bajo un nuevo consejo de administración (de todas formas, los antiguos accionistas y directivos ya estaban muertos) y busca desarrollar herramientas que impidan invasiones demoniacas. Los científicos comienzan a trabajar en un dispositivo conocido como el Acelerador Cuántico, cuyo propósito es cerrar las Puertas de invasión y detener posibles invasiones. Los experimentos se llevan a cabo en un complejo de investigación secreto, con una unidad estacionaria de marinos. El trabajo parece ir bien, pero las criaturas de Más Allá se dan cuenta de la nueva investigación. Una Puerta se abre en el corazón del complejo y horrores inusuales se derraman. El Acelerador Cuántico funciona admirablemente: la Puerta se cierra rápidamente y la invasión es detenida. La investigación continúa con mayor entusiasmo. Al día siguiente, un anillo de 7 Puertas se abre y comienza una invasión aún mayor. Durante una hora, los Aceleradores Cuánticos logran cerrar 6 de las Puertas, pero el ejército infernal se ha vuelto demasiado numeroso y poderoso. El complejo es invadido. Todos son asesinados o convertidos en zombis. La última Puerta del Infierno permanece abierta, vigilada y protegida por un Portador: un demonio poderoso, enorme y antiguo que posee la capacidad de abrir Puertas Dimensionales y controlarlas o protegerlas. El gobierno, aterrorizado de que el Acelerador Cuántico sea destruido o utilizado contra la humanidad, ordena a todos los marinos que se dirijan inmediatamente al lugar. El jugador, el marinero espacial sin nombre, estaba de vacaciones en la playa. También era el más cercano al lugar y llega primero. Allí descubre que hay mucha actividad demoniaca (aullidos, cánticos, sonidos de máquinas) dentro del complejo; el Portador claramente está trabajando en algo, y su trabajo pronto alcanzará un clímax terrible. También se da cuenta de que cuando los marinos lleguen, no podrán penetrar el complejo tan infestado, a pesar del fuego y el apoyo que tendrán. El marinero decide entrar al complejo y detener al Portador solo.