

The Plutonia Experiment è uno dei due IWAD ufficiali di 32 livelli che compongono Final Doom. È stato creato dai fratelli Dario e Milo Casali su contratto con id Software, e fu rilasciato insieme al suo corrispettivo TNT: Evilution il 17 giugno 1996.
Nel Plutonia Experiment, dopo l'invasione catastrofica dell'Inferno sulla Terra, i governi mondiali decidono di adottare misure contro qualsiasi possibile futura invasione, sapendo che i poteri dell'Inferno erano ancora forti. L'UAC viene rifondata con una nuova gestione (comunque tutti i vecchi trustee e azionisti erano morti) e mira a sviluppare strumenti che possano prevenire invasioni demoniache. Gli scienziati iniziano a lavorare su un dispositivo noto come Acceleratore Quantistico, destinato a chiudere le Porte dell'invasione e a fermare possibili attacchi. Gli esperimenti vengono effettuati in un complesso di ricerca segreto, con un distaccamento di marine stazionato. Il lavoro sembra procedere bene, ma le creature dall'Altrove notano il nuovo centro di ricerca. Una Porta si apre nel cuore del complesso e orrori innaturali ne escono. L'Acceleratore Quantistico funziona in modo eccellente: la Porta viene chiusa rapidamente e l'invasione bloccata. Le ricerche proseguono con maggiore audacia. Il giorno successivo, si apre un anello di 7 Porte e inizia un'invasione ancora più grande. Per un'ora, gli Acceleratori Quantistici riescono a chiudere 6 delle Porte, ma l'esercito infernale è diventato troppo numeroso e troppo forte. Il complesso viene sopraffatto. Tutti vengono uccisi o trasformati in zombi. L'ultima Porta dell'Inferno rimane aperta, presidiata e difesa da un Custode della Porta: un demone potente, enorme e antico che possiede il potere di aprire Porte Dimensionali e controllarle o difenderle. Il governo, disperato per il rischio che l'Acceleratore Quantistico venga distrutto o usato contro l'umanità, ordina a tutti i marine di recarsi immediatamente sul posto. Il giocatore, il marine spaziale senza nome, era in vacanza al mare. Era anche il più vicino al sito e arriva per primo. Lì scopre che c'è molta attività demoniaca (ululati, canti, rumori di macchinari) all'interno del complesso; il Custode sta chiaramente lavorando a qualcosa, e il suo lavoro raggiungerà presto un orribile culmine. Si rende anche conto che quando i marine arriveranno, non saranno in grado di penetrare nel complesso gravemente infestato, nonostante l'arma e il supporto che avranno. Il marine decide di entrare nel complesso e fermare il Custode da solo.