
Shin Megami Tensei : Synchronicity Prologue est un jeu bonus sorti pour promouvoir Shin Megami Tensei : Deep Strange Journey (également connu sous le nom de Strange Journey Redux). Ce jeu d'action 2D d'exploration et de plateforme met en vedette Jack Frost, un personnage connu des fans de Shin Megami Tensei et des jeux Atlus.
Se déroulant peu de temps avant les événements de Shin Megami Tensei : Strange Journey, Jack Frost est synchronisé avec l'esprit d'un humain afin de traverser et combattre des hordes de démons. Il sauve le Jack o' Lantern non synchronisé, après qu'il ait été gelé par Black Frost, qui a décimé tous les Jacks ayant précédemment tenté une attaque. Ils rencontrent une petite créature qui se nomme lui-même J-kun. Les Jacks traversent les différents Secteurs de la Schwarzwelt afin de vaincre Black Frost, combattant Bifrons, Decarabia, Alice et Girimehkala sur leur chemin. Après avoir vaincu ce dernier, les Jacks retrouvent J-kun, qui leur dit qu'il se souvient avoir été humain, jusqu'au moment où il a lancé un programme de synchronisation envoyé à son intention, envoyant son esprit dans le corps d'un démon de la Schwarzwelt. Ils comprennent alors que détruire Black Frost est la seule façon de ramener J-kun. Après avoir vaincu Black Frost, J-kun apparaît, révélant que Black Frost est la partie manquante de son esprit, et demande aux Jacks de détruire Black Frost pour le libérer, espérant ainsi pouvoir retourner dans son corps humain. Les Frosts s'exécutent, libérant J-kun. Les génériques de fin montrent une liste d'actualités mondiales, incluant la mort/récupération d'un programmeur célèbre (selon la fin), une tempête de neige mystérieuse en Antarctique, et la création du projet commun de la Schwarzwelt.