
Shin Megami Tensei: Synchronicity Prologue adalah permainan bonus yang dirilis untuk mempromosikan Shin Megami Tensei: Deep Strange Journey (juga dikenal sebagai Strange Journey Redux). Permainan aksi 2D eksplorasi/platform ini menghadirkan Jack Frost, karakter yang sudah dikenal oleh para penggemar Shin Megami Tensei dan game-game Atlus.
Cerita berlangsung tidak lama sebelum peristiwa Shin Megami Tensei: Strange Journey, Jack Frost disinkronkan dengan pikiran manusia untuk dapat menelusuri dan melawan kawanan setan. Ia menyelamatkan Jack o' Lantern yang tidak tersinkronkan setelah terbeku oleh Black Frost, yang telah menghancurkan seluruh Jack yang sebelumnya mencoba melakukan serangan. Mereka bertemu dengan makhluk kecil yang menyebut dirinya J-kun. Para Jack menelusuri berbagai Sektor di Schwarzwelt untuk mengalahkan Black Frost, melawan Bifrons, Decarabia, Alice, dan Girimehkala di sepanjang jalan. Setelah mengalahkan yang terakhir, para Jack kembali bertemu dengan J-kun, yang memberitahukan bahwa ia mengingat dulu pernah menjadi manusia, hingga ia menjalankan program sinkronisasi yang dikirim kepadanya, mengirimkan pikirannya ke tubuh setan di Schwarzwelt. Mereka menyadari bahwa menghancurkan Black Frost adalah satu-satunya cara untuk mengembalikan J-kun. Setelah mengalahkan Black Frost, J-kun muncul, mengungkap bahwa Black Frost adalah bagian pikiran yang hilang darinya, dan meminta para Jack untuk menghancurkan Black Frost agar ia bisa dilepaskan, berharap dapat kembali ke tubuh manusianya. Para Frost melakukannya, melepaskan J-kun. Di akhir kredit terdapat daftar berita dunia, termasuk kematian/pemulihan seorang programmer terkenal (tergantung akhiran yang tercapai), badai salju misterius di Antarktika, dan pembentukan Proyek Bersama Schwarzwelt.