
Silent Bomber adalah sebuah permainan bergaya old school yang berlatar di masa depan. Anda berperan sebagai karakter bernama Jutah Fate, seorang manusia yang dihasilkan dari rekayasa genetika oleh pemerintah. Anda seorang ahli dalam menggunakan bom. Di awal permainan, Anda hanya bisa meletakkan sedikit bom sekaligus, tetapi lama-kelamaan Anda bisa menambah jumlahnya dengan mengumpulkan E-Chips. Ini adalah permainan cepat tempat Anda meledakkan sesuatu sebelum sesuatu meledakkan Anda.
Permainan dimulai dengan Jutah Fate, seorang pelaku kejahatan perang, yang direkrut ke dalam operasi militer rahasia oleh planet asalnya, Hornet. Tujuh tahun sebelumnya, ia diperintahkan untuk menghancurkan benteng musuh, hanya untuk menemukan bahwa ada warga sipil di dalamnya. Karena trauma harus mengikuti perintahnya, ia sebagian besar tidak memiliki emosi. Misi ini adalah untuk menghancurkan kapal luar angkasa, yang dikenal sebagai Dante, yang mengancam planet tersebut. Misi ini juga melibatkan Benoit Manderubrot, seorang pelaku kejahatan politik; Micino Tifone, seorang mata-mata; dan John Loss, seorang ahli pelarian dan anggota suku yang tertindas. Operasi ini dipimpin oleh Komandan Operasi Annri Ohara. Saat tiba di Dante, kapal mereka ditembak jatuh oleh senjata anti-udara Dante. Semua orang mendarat di kapal luar angkasa tanpa cedera, tetapi Jutah terpisah dari kelompoknya. Seiring berjalannya permainan dan Jutah diminta untuk menghancurkan berbagai bagian dari Dante, Jutah dan Annri mulai mengembangkan perasaan satu sama lain. Akhirnya, Jutah mencapai jembatan komando Dante, tetapi menemukan bahwa kru kapal telah dibunuh oleh pertahanan kapal itu sendiri. Sebuah hologram Benoit muncul dan mengungkapkan bahwa dialah yang telah membunuh kru, dan bahwa ia telah mengambil alih kapal serta masih berencana untuk menghancurkan Hornet. Setelah Jutah menolak untuk bergabung dengan Benoit, Benoit mencoba membunuh Jutah dengan melemparkannya ke luar angkasa. Ia diselamatkan oleh krunya saat Benoit mengisolasi bagian kapal Dante. Jutah kembali masuk ke kapal dan menghancurkan meriam kuat Dante tepat waktu untuk menyelamatkan Hornet. Tanpa adanya meriam tersebut, Jutah menemukan Benoit di inti kapal, dan menemukan bahwa Benoit telah mengikat dirinya dengan AI Dante. Setelah pertempuran akhir, Benoit mengaktifkan sistem penghancur diri Dante. Jutah mencoba kembali ke kapalnya, tetapi jalannya terhalang, memaksa yang lain untuk pergi tanpa dirinya. Permainan berakhir dengan Jutah mengunjungi Annri di rumahnya tiga tahun kemudian.
| PS1 | 28 Oktober 1999 |
| PS3 | 22 November 2006 |
| PSP | 22 November 2006 |
