

Sua missão, como comandante da X-COM, é combater a agressão alienígena e desvendar suas intenções mortais. Mas fique alerta! A infiltração alienígena na cidade e sua política podem colocar você sob fogo de gangues criminosas, seitas religiosas e até mesmo da polícia! Frota alienígena enche os céus, criaturas aterrorizam a cidade, o caos reina... Bem-vindo à guerra, bem-vindo ao Apocalipse.
Meia centena de anos após o fim da segunda campanha de X-COM, a última batalha de T'leth danificou gravemente a biosfera da Terra. Como resultado, várias cidades do tipo Megalópole autocontidas foram propostas para abrigar a humanidade. O jogo segue Mega-Primus, a primeira dessas cidades, construída sobre os destroços de Toronto, no Canadá. Enquanto isso, a colônia extraterrestre de Marte é explorada pela corporação mineradora de Elerium, Solmine, e oprimida pela MarSec (MARs SECurity). A ameaça alienígena no jogo é apresentada por uma nova raça de alienígenas orgânicos, extradimensionais, que inicialmente parecem não ter relação com os alienígenas dos dois jogos anteriores, embora missões posteriores situadas na dimensão natal dos alienígenas revelem que eles escravizaram sobreviventes Sectoides. Esses novos alienígenas atacam a cidade por meio de portais de teletransporte em forma de tetraedro. O jogador deve descobrir como enviar seus próprios aviões, juntamente com agentes da X-COM, por esses portais sem ser destruído e levar a guerra aos alienígenas. Apocalypse tem 14 raças de seres alienígenas, incluindo Anthropods, Brainsuckers, Hyperworms, Megaspawns e Micronoids. Cada raça tem várias forças e fraquezas, e algumas raças dependem de outras. O "ciclo de vida alienígena" desempenha um papel crucial no jogo. O jogador é exposto a esse "ciclo de vida alienígena" por meio de pesquisas e, mais importante, por meio de ataques de baixo nível dos alienígenas durante combates de coleta de amostras. Principalmente o ataque do alienígena armado, o Brain-Sucker, que ataca indivíduos após pousar de um lançador de pods utilizado pelos soldados de infantaria alienígena. O Brain-Sucker eclosa e ataca o indivíduo mais próximo pulando em sua cabeça e aparentemente injetando algo neles pela boca, morrendo imediatamente após o ataque. O ciclo de vida depois toma um rumo misterioso, mostrando nenhuma conexão entre as formas alienígenas inferiores e as formas alienígenas superiores. Eventualmente, entretanto, descobre-se que os líderes da invasão são os Micronoids, uma raça de organismos unicelulares inteligentes que vivem nos sistemas sanguíneos dos outros alienígenas; o objetivo final da invasão é injetar Micronoids nos sistemas sanguíneos de figuras importantes, permitindo que eles controlem Mega-Primus por meio da dominação psíquica de seus hospedeiros. O jogador é eventualmente incumbido de invadir o mundo natal dos alienígenas e destruir seu lado do portal, a única maneira de parar a infestação dos Micronoids.
| PC | 30 de junho de 1997 |
| DOS | 30 de junho de 1997 |

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