
Sobald der Spieler das Titelbildschirm hinter sich gelassen hat, beginnt das Spiel. Godzilla bewegt sich in drei Dimensionen und sein einziges Waffe ist sein Atomatembrechen, den er zielgerichtet einsetzen kann. Godzilla hat vier Leben, die entweder durch Berührung durch die Gegner, durch Angriffe der Gegner oder durch Fallen in ein Loch verloren gehen. Megalon grabt Löcher in den Boden und taucht an der Oberfläche auf, um Godzilla anzugreifen. Nachdem Megalon besiegt wurde, tauchen Kumongas aus den Löchern auf und feuern auf Godzilla mit einem von zwei Waffen: einem Schnur-Schuss oder einem farbverändernden Projektil. Nachdem mehrere Kumongas besiegt wurden, erscheint King Ghidorah und Godzilla muss Minilla verteidigen. King Ghidorah feuert seine Gravitationsstrahlen in seiner Nähe ab, und wenn Minilla King Ghidorah berührt, verliert Godzilla ein Leben. Nachdem Ghidorah besiegt wurde, beginnt das Spiel von vorne. Der 2-Spieler-Modus ist der gleiche wie der Einzelspieler-Modus, mit dem Unterschied, dass zwei Spieler sich bei jedem Leben abwechseln können, wobei jeder Spieler eigene Leben und eigene Punktestand anzeigt.