
Une fois que le joueur passe l'écran du titre, le jeu commence. Le mouvement de Godzilla s'effectue en trois dimensions, et son seul arme est son souffle atomique, qu'il peut diriger. Godzilla dispose de quatre vies, qui sont perdues soit lorsque les ennemis entrent en contact avec lui, soit lorsqu'ils l'attaquent, soit lorsqu'il tombe dans un trou. Megalon creuse des trous dans le sol et remonte à la surface pour attaquer Godzilla. Après avoir vaincu Megalon, des Kumongas émergent des trous et tirent sur Godzilla avec l'une de deux armes : un tir filant ou un projectile changeur de couleur. Après avoir vaincu plusieurs Kumongas, King Ghidorah apparaît et Godzilla doit défendre Minilla. King Ghidorah tire ses faisceaux gravitationnels près de lui, et si Minilla entre en contact avec King Ghidorah, Godzilla perd une vie. Après avoir vaincu Ghidorah, le jeu redémarre. Le mode 2 joueurs est identique au mode 1 joueur, à la différence près que deux joueurs peuvent alterner à chaque vie, chacun disposant de ses propres vies et de ses propres compteurs de score.