
Assim que o jogador passar a tela de título, o jogo começará. O movimento do Godzilla é em três dimensões e a única arma de Godzilla é seu fôlego atômico, que pode ser mirado. Godzilla tem quatro vidas, que são perdidas quando os inimigos tocam Godzilla, acertam Godzilla com seus ataques ou quando Godzilla cai em um buraco. Megalon cava buracos no chão e sobe à superfície para atacar Godzilla. Após derrotar Megalon, Kumongas surgirão dos buracos e atirarão em Godzilla com uma das duas armas: um tiro de corda ou um projétil que muda de cor. Após derrotar vários Kumongas, King Ghidorah aparece e Godzilla precisa defender Minilla. King Ghidorah dispara seus raios gravitacionais perto de si mesmo, e se Minilla tocar King Ghidorah, Godzilla perde uma vida. Após derrotar Ghidorah, o jogo reinicia. O modo para 2 jogadores é o mesmo que o modo para 1 jogador, exceto que dois jogadores podem alternar entre cada vida, cada um com suas próprias vidas e contadores de pontuação.