
Una vez que el jugador pase la pantalla de título, el juego comenzará. El movimiento de Godzilla es en tres dimensiones y el único arma de Godzilla es su aliento atómico, el cual se puede apuntar. Godzilla tiene cuatro vidas, las cuales se pierden si los enemigos tocan a Godzilla, le atacan o si Godzilla cae en un hoyo. Megalon hará agujeros en el suelo y saldrá a la superficie para atacar a Godzilla. Después de vencer a Megalon, aparecerán Kumongas de los agujeros y dispararán contra Godzilla con una de dos armas: un disparo de cuerda o un proyectil que cambia de color. Después de vencer a varios Kumongas, aparece King Ghidorah y Godzilla debe defender a Minilla. King Ghidorah dispara sus haces gravitacionales cerca de él mismo, y si Minilla toca a King Ghidorah, Godzilla pierde una vida. Después de vencer a Ghidorah, el juego se reinicia. El modo de 2 jugadores es el mismo que el modo de un jugador, excepto que dos jugadores pueden alternarse entre cada vida, cada uno con sus propias vidas y medidores de puntuación.