
Una volta che il giocatore supera lo schermo del titolo, il gioco inizierà. Il movimento di Godzilla è tridimensionale e l'unica arma di Godzilla è il suo respiro atomico, che può essere mirato. Godzilla ha quattro vite, che vengono perse quando i nemici toccano Godzilla, lo colpiscono con i loro attacchi o quando Godzilla cade in un buco. Megalon scavera buchi nel terreno e salirà in superficie per inseguire Godzilla. Dopo aver sconfitto Megalon, i Kumongas saliranno dai buchi e sparano su Godzilla con uno dei due armi; un tiro a filo o un proiettile che cambia colore. Dopo aver sconfitto diversi Kumongas, appare King Ghidorah e Godzilla deve difendere Minilla. King Ghidorah spara i suoi raggi gravitazionali vicino a sé, e se Minilla tocca King Ghidorah, Godzilla perde una vita. Dopo aver sconfitto Ghidorah, il gioco ricomincia. La modalità 2 giocatori è la stessa della modalità 1 giocatore, ad eccezione del fatto che due giocatori possono alternarsi ogni volta che perdono una vita, ciascuno con le proprie vite e i propri contatori di punteggio.