
Dieser Modus ermöglicht es dem Spieler, als Proto Man (auch als Blues in Japan bekannt) zu spielen, der über den „Proto Buster“ verfügt, rutschen kann und seinen „Proto Shield“ zur Verteidigung einsetzen kann. Proto Man nimmt jedoch doppelt so viel Schaden, hat doppelt so viel Rückstoß, feuert leicht niedrigere Schüsse (er kann Gegner treffen, die Mega Man normalerweise am Boden verfehlt) und kann nicht in das Labor des Doktor Light gehen, um Ausrüstung zu kaufen. Es gibt keine Geschichte für diese Version des Spiels.
Es gibt keine Geschichte für diese Version des Spiels.
| PS3 | 9. Oktober 2008 |
| X360 | 9. Oktober 2008 |
| Wii | 9. Oktober 2008 |