
In questa modalità il giocatore può giocare da Proto Man (conosciuto anche come Blues in Giappone), che possiede il "Proto Buster", la capacità di slittare e può usare il suo "Proto Shield" per la difesa. Tuttavia, Proto Man subisce il doppio dei danni, ha il doppio del rinculo, spara leggermente più in basso (può colpire nemici che normalmente Mega Man mancherebbe a terra) e non può accedere al Laboratorio del Dottor Light per acquistare forniture. Non c'è una storia per questa versione del gioco.
Non c'è una storia per questa versione del gioco.
| PS3 | 9 ottobre 2008 |
| X360 | 9 ottobre 2008 |
| Wii | 9 ottobre 2008 |