
Ce mode donne au joueur la possibilité de jouer en tant que Proto Man (connu aussi sous le nom de Blues au Japon), qui dispose du « Proto Buster », la capacité de glisser et d'utiliser son « Proto Shield » pour se défendre. Cependant, Proto Man subit le double des dégâts, a le double de recul, tire légèrement plus bas (il peut toucher des ennemis que Mega Man manquerait normalement au sol) et ne peut pas accéder au Laboratoire du Docteur Light pour acheter des fournitures. Il n'y a pas d'histoire pour cette version du jeu.
Il n'y a pas d'histoire pour cette version du jeu.
| PS3 | 9 octobre 2008 |
| X360 | 9 octobre 2008 |
| Wii | 9 octobre 2008 |