
Este modo dá ao jogador a capacidade de jogar como Proto Man (também conhecido como Blues no Japão), que possui o "Proto Buster", a habilidade de deslizar e usar seu "Proto Shield" para defesa. No entanto, Proto Man recebe o dobro do dano, tem o dobro de recuo, atira ligeiramente mais baixo (ele pode atingir inimigos que Mega Man normalmente não acertaria no chão) e não pode acessar o Laboratório do Dr. Light para comprar suprimentos. Não há história para esta versão do jogo.
Não há história para esta versão do jogo.
| PS3 | 9 de outubro de 2008 |
| X360 | 9 de outubro de 2008 |
| Wii | 9 de outubro de 2008 |