
Este modo le da al jugador la posibilidad de jugar como Proto Man (también conocido como Blues en Japón), quien tiene el "Proto Buster", la capacidad de deslizarse y usar su "Proto Shield" para defenderse. Sin embargo, Proto Man recibe el doble de daño, tiene el doble de retroceso, dispara ligeramente más bajo (puede golpear a enemigos que Mega Man normalmente no alcanzaría en tierra) y no puede acceder al Laboratorio del Dr. Light para comprar suministros. No hay una historia para esta versión del juego.
No hay historia para esta versión del juego.
| PS3 | 9 de octubre de 2008 |
| X360 | 9 de octubre de 2008 |
| Wii | 9 de octubre de 2008 |