
Shadow Hearts: Covenant ist eine direkte Fortsetzung von Shadow Hearts; seine Geschichte beginnt anderthalb Jahre nach dem ersten Teil mitten im Ersten Weltkrieg. Der Fokus liegt auf Karin Koenig, einer Leutnantin der deutschen Armee, die bei der Exorzierung eines Mannes namens Yuri Volte Hyuga hilft, der in Dämonen verwandelt werden kann. Nachdem sie jedoch Yuris mitfühlende Natur erkennt, begibt sie sich gemeinsam mit ihm auf eine Quest, um ihn von einem Fluch zu befreien, und wird in einen Konflikt hineingezogen, der Dämonen der Dämonenverehrung betrifft.
Das Spiel beginnt mit Karin Koenig, einer Leutnantin der deutschen Armee im Ersten Weltkrieg, die gemeinsam mit dem vatikanischen Inquisitor Nicolas "Nicolai" Conrad in das Städtchen Domremy reist, um dort einen Dämon zu exorzieren. Als sie ankommen, stellt sich der Dämon als Yuri aus dem vorherigen Spiel heraus. Nicolai legt Yuri einen Fluch auf, wodurch dieser stark geschwächt wird, doch dies enthüllt auch, dass Nicolas Mitglied der Sapientes Gladio ist, einer Fraktion dunkler Zauberer, die die Weltherrschaft anstrebt. Yuri flieht mit Karin und gründet eine kleine Gruppe von Verbündeten, um Nicolais Plan zu vereiteln. Nicolai, der Bastardsohn von Zar Nicolas II., hofft mit Hilfe von Rasputin, dem aktuellen Anführer der Sapientes Gladio, Russland zu übernehmen. Yuri gelingt es, seine Kräfte mit Hilfe des ehemaligen Sapientes-Gladio-Zauberers Jovis wiederzugewinnen, auch wenn seine Erinnerungen nach wie vor unter Nicolais Fluch leiden. Die Gruppe entdeckt und besiegt schließlich Rasputin und Nicolai. Bevor Nicolai jedoch endgültig besiegt werden kann, wird er von Kato, einem japanischen Gesandten und alten Freund Yuris, gerettet und nach Japan gebracht. In Japan verfolgt die Gruppe Nicolai bis zu einem Forschungslabor, in dem er von einem Dämon besessen ist. Nachdem sie erfahren, wo er sich aufhält, jagen sie ihn, doch nicht, bevor Katos Ehefrau getötet wird. In Verzweiflung versucht Kato, die Welt mit seiner eigenen Magie neu zu erschaffen, wodurch Yuri und seine Gruppe ihn töten müssen. Das Spiel hat zwei mögliche Enden. Im „schlechten“ Ende werden Yuris Persönlichkeit und Erinnerungen durch Nicolais Fluch gelöscht, und er verbringt den Rest seines Lebens unter der Obhut seines alten Freundes Roger Bacon. Im „guten“ Ende entscheidet sich Yuri, zu sterben, um seine Erinnerungen und Persönlichkeit nicht dem Fluch zu opfern. Danach findet er sich am Anfang des vorherigen Spiels wieder. In beiden Enden reist Karin zurück ins Jahr 1887 und wird als Anne, Yuris Mutter, enthüllt.
| PS2 | 19. Februar 2004 |



