Plutonia 2 ist ein Megawad mit 32 Levels für The Plutonia Experiment als unoffizielles Sequel. Nach einer Entwicklungszeit, die bereits 2000 begann, wurde es am 31. Dezember 2008 veröffentlicht. Bei den Cacowards 2009 wurde es zu einem der Gewinner ernannt und erhielt zurecht auch den Mordeth Award.
Die WAD spielt nach den Ereignissen von The Plutonia Experiment. Der Misserfolg des Quantenbeschleunigers, die Tore der Hölle zu verschließen und eine zweite Invasion zu stoppen, führte zu einer Untersuchung, die das unethische Verhalten der UAC bei der Nutzung der Tor-Technologie aufdeckte und deren überlebende Führungskräfte ins Gefängnis brachte. Die Vermögen des Unternehmens wurden enteignet und an die Union Aerospace Armed Forces (UAAF) übertragen, eine neue Sicherheitskraft, die gegründet wurde, um unsere Dimension vor der Hölle zu schützen. Dazu entwickelte sie eine verbesserte Alternative zum Quantenbeschleuniger, den Hallion Collider. Die skeptische Presse nannte ihn „Plutonia 2“ in Anspielung auf das ursprüngliche Ereignis. Zunächst lief alles gut, doch die UAAF wurde schließlich von vielen Kolonien beschuldigt, Machtmissbrauch zu begehen, was dazu führte, dass die UAAF durch Guerilla-Krieg und politische Intrigen destabilisiert wurde. Dooms Protagonist war einer der Gründer der UAAF, musste jedoch seinen Posten aufgeben, nachdem ihm vorgeworfen wurde, bei der Aufsicht über eine ehemalige UAC-Kolonie übermäßige Gewalt angewandt zu haben. Da er seine vorherige Tätigkeit ohnehin nicht genossen hatte, nutzte er seine Freiheit, um die Konflikte innerhalb der UAAF zu beheben, und schlug „Operation Kick-ass“ vor, als die Lage außer Kontrolle geriet. Gleichzeitig wurde jedoch eine Studie veröffentlicht, die feststellte, dass häufiger Gebrauch von UAC Berserk-Packs, Medikits und Stimpacks bei Menschen mit schweren Traumata Psychosen und Paranoia auslösen kann. Seine Gegner nutzten dies, um seinen Ruf zu zerstören und ihn aus der Politik zu verbannen. Daraufhin verschlechterten sich die inneren Spannungen weiter. Eines Tages kamen Berichte über eine erneute Invasion der Hölle auf Teilen der Erde herein, wobei die Fraktionen der UAAF sich gegenseitig Sabotage und Spionage unterstellten oder sogar die UAAF selbst beschuldigten. Der Konflikt ist mittlerweile in einen offenen Krieg ausgeartet, der Menschen gegen Menschen, Menschen gegen Dämonen und Dämonen gegen Dämonen stellt. Der Protagonist weigert sich, untätig zuzusehen, während die Hölle in unserer Dimension Chaos stiften kann. Mit nur seiner Pistole bewaffnet, jagt er einen Teleporter in die Amazonenwüste und kämpft allein gegen die Hölle an.