Plutonia 2 est un megawad de 32 niveaux pour The Plutonia Experiment en tant que suite non officielle. Après avoir été en développement depuis 2000, il a été publié le 31 décembre 2008. Aux Cacowards 2009, il a été déclaré l'un des gagnants et a logiquement reçu également le prix Mordeth.
Le WAD se déroule après les événements de The Plutonia Experiment. L'échec de l'Accelerateur Quantique à sceller les Portes de l'Enfer et à arrêter une seconde invasion a conduit à une enquête révélant l'utilisation inéthique par le UAC de la technologie des portails, envoyant ses responsables survivants en prison. Les actifs de l'entreprise ont été répartis et transférés aux Union Aerospace Armed Forces (UAAF), une nouvelle force de sécurité créée pour protéger notre dimension de l'Enfer. Pour cela, elle a développé une amélioration de l'Accelerateur Quantique appelée le Hallion Collider. La presse sceptique l'a surnommé "Plutonia 2" en référence à l'incident initial. Toute allait bien au début, mais l'UAAF a finalement été accusée par de nombreuses colonies d'abus de pouvoir, ce qui a désorganisé l'UAAF par la guérilla et des jeux politiques. Le protagoniste de Doom était l'un des dirigeants fondateurs de l'UAAF, mais a dû démissionner à cause d'accusations d'usage excessif de la force pendant la supervision d'une ancienne colonie du UAC. N'ayant pas apprécié son précédent travail, il a utilisé sa liberté pour essayer de résoudre les conflits internes de l'UAAF, proposant "Operation Kick-ass" lorsque la situation a dégénéré. En même temps, une étude a été publiée montrant que l'utilisation fréquente des packs Berserk du UAC, des Medikits et des Stimpacks pouvait provoquer une psychose et une paranoïa chez ceux souffrant de traumatismes graves. Les opposants du protagoniste l'ont utilisé pour détruire sa réputation, l'isolant de la politique. En conséquence, les tensions internes se sont aggravées. Un jour, des rapports sont arrivés sur des invasions d'Enferspawn dans certaines parties de la Terre, les factions de l'UAAF s'accusant mutuellement de sabotage et d'espionnage ou accusant l'UAAF elle-même. Le conflit s'est maintenant dégradé en une guerre totale opposant humain contre humain, humain contre démon, et démon contre démon. Refusant de rester inactif pendant que l'Enfer cause le chaos dans notre dimension, le protagoniste, armé uniquement de son pistolet, retrouve un téléporteur vers la jungle amazonienne et affronte l'Enfer seul.