Plutonia 2 é um megawad de 32 níveis para The Plutonia Experiment como uma sequência não oficial. Após estar em desenvolvimento desde 2000, foi lançado em 31 de dezembro de 2008. Nos Cacowards de 2009, foi declarado um dos vencedores e, compreensivelmente, também recebeu o prêmio Mordeth.
O WAD ocorre após os eventos de The Plutonia Experiment. A falha do Quantum Accelerator em selar as Portas do Inferno e deter uma segunda invasão levou a uma investigação que expôs o uso não ético da tecnologia de portal pela UAC, colocando seus oficiais sobreviventes na prisão. Os ativos da empresa foram desinvestidos e transferidos para as Forças Aéreo Espaciais da União (UAAF), uma nova força de segurança formada para proteger nossa dimensão do Inferno. Para isso, desenvolveu uma versão aprimorada do Quantum Accelerator chamada Hallion Collider. A imprensa cética a apelidou de "Plutonia 2", em referência ao incidente original. Embora tudo parecesse bem no início, a UAAF acabou sendo acusada por muitas colônias de abuso de autoridade, levando a instabilidades causadas por guerrilhas e jogos políticos. O protagonista de Doom foi um dos líderes fundadores da UAAF, mas foi forçado a demitir-se devido a acusações de uso excessivo de força enquanto supervisionava uma antiga colônia da UAC. Mesmo assim, não tendo apreciado seu trabalho anterior, usou sua liberdade para tentar resolver os conflitos internos da UAAF, propondo a "Operação Kick-ass" quando a situação saiu do controle. Ao mesmo tempo, no entanto, foi publicado um estudo que descobriu que o uso frequente dos pacotes Berserk, Medikits e Stimpacks da UAC poderia causar psicoses e paranoia em pessoas que sofrem traumas graves. Os oponentes do protagonista usaram isso para destruir sua reputação, isolando-o da política. Como resultado, as divisões internas pioraram. Um dia, surgiram relatos de que os Hellspawn estavam invadindo partes da Terra novamente, com as facções da UAAF acusando-se mutuamente de sabotagem e espionagem, ou culpando a própria UAAF. O conflito agora degenerou em uma guerra total, pitting humano contra humano, humano contra demônio e demônio contra demônio. Recusando-se a ficar parado enquanto o Inferno causa caos em nossa dimensão, o protagonista, armado apenas com sua pistola, localiza um teletransporte para a selva amazônica e enfrenta o Inferno sozinho.