Plutonia 2 es un megawad de 32 niveles para The Plutonia Experiment como secuela no oficial. Después de estar en desarrollo desde 2000, se lanzó el 31 de diciembre de 2008. En los Cacowards 2009 fue declarado uno de los ganadores y también recibió, como era de esperarse, el premio Mordeth.
El WAD tiene lugar después de los eventos de The Plutonia Experiment. El fracaso del Quantum Accelerator para sellar las Puertas del Infierno y detener una segunda invasión llevó a una investigación que expuso el uso inmoral de la tecnología de pasarelas por parte de la UAC, poniendo en prisión a sus funcionarios sobrevivientes. Los activos de la empresa fueron desinvertidos y transferidos a las Fuerzas Armadas Aéreas y Espaciales de la Unión (UAAF), una nueva fuerza de seguridad creada para proteger nuestra dimensión del Infierno. Para lograrlo, desarrolló una versión mejorada del Quantum Accelerator llamada el Hallion Collider. La prensa escéptica lo apodó "Plutonia 2" en referencia al incidente original. Mientras todo parecía ir bien al principio, la UAAF fue acusada eventualmente por muchas colonias de abuso de autoridad, lo que llevó a que la UAAF fuera desestabilizada por la guerra de guerrillas y juegos políticos. El protagonista de Doom fue uno de los líderes fundadores de la UAAF, pero fue obligado a dimitir gracias a acusaciones de uso excesivo de la fuerza mientras supervisaba una colonia anteriormente perteneciente a la UAC. Sin embargo, al no haber disfrutado su trabajo anterior, usó su libertad para intentar resolver los conflictos dentro de la UAAF, proponiendo "Operación Kick-ass" cuando la situación se salió de control. Al mismo tiempo, sin embargo, se publicó un estudio que revelaba que el uso frecuente de los packs Berserk, Medikits y Stimpacks de la UAC podría causar psicosis y paranoia en quienes sufrían traumas graves. Los oponentes del protagonista lo usaron para destruir su reputación, marginándolo de la política. Como resultado, la lucha interna empeoró. Un día, llegaron informes de que los Hellspawn estaban invadiendo partes de la Tierra nuevamente, con las facciones de la UAAF acusándose mutuamente de sabotaje y espionaje o culpando a la UAAF misma. El conflicto ahora se ha desencadenado en una guerra total que enfrenta a humano contra humano, humano contra demonio y demonio contra demonio. Negándose a quedarse inactivo mientras el Infierno causa caos en nuestra dimensión, el protagonista, armado solamente con su pistola, localiza un teletransportador hacia la selva amazónica y se enfrenta al Infierno solo.