Plutonia 2 è un megawad di 32 livelli per The Plutonia Experiment come sequel non ufficiale. Dopo uno sviluppo iniziato nel 2000, è stato rilasciato il 31 dicembre 2008. Ai Cacowards 2009 è stato dichiarato uno dei vincitori e, come da aspettarsi, ha ricevuto anche il premio Mordeth.
Il WAD si svolge dopo gli eventi de The Plutonia Experiment. L'insuccesso dell'Acceleratore Quantistico nel sigillare le Porte dell'Inferno e fermare una seconda invasione ha portato a un'indagine che ha esposto l'uso non etico della tecnologia delle porte da parte della UAC, mettendo in prigione i suoi dirigenti sopravvissuti. I beni della compagnia sono stati svaligiati e trasferiti alle Union Aerospace Armed Forces (UAAF), una nuova forza di sicurezza creata per proteggere la nostra dimensione dall'Inferno. Per farlo, ha sviluppato un miglioramento dell'Acceleratore Quantistico chiamato Hallion Collider. La stampa scettica lo ha soprannominato "Plutonia 2" in riferimento all'incidente originale. All'inizio tutto sembrava andare bene, ma la UAAF è stata in seguito accusata da molte colonie di abuso di autorità, portando la UAAF a essere destabilizzata da guerra di guerriglia e giochi politici. Il protagonista di Doom era uno dei fondatori della UAAF, ma è stato costretto a dimettersi grazie alle accuse di uso eccessivo della forza mentre supervisionava una colonia ex-UAC. Non avendo però goduto del suo lavoro precedente, ha usato la sua libertà per cercare di risolvere i conflitti all'interno della UAAF, proponendo "Operation Kick-ass" quando la situazione è precipitata. Allo stesso tempo però, è stata pubblicata una ricerca che ha scoperto che l'uso frequente dei pack Berserk UAC, Medikits e Stimpacks potrebbe causare psicosi e paranoie in coloro che soffrono di trauma grave. Gli oppositori del protagonista l'hanno usata per distruggere la sua reputazione, isolandolo dalla politica. Di conseguenza, la lotta interna si è aggravata. Un giorno, arrivano notizie di Hellspawn che invadono di nuovo parti della Terra, con le fazioni della UAAF che si accusano a vicenda di sabotaggio e spionaggio o addirittura incolpano la stessa UAAF. Il conflitto è ormai degenerato in una guerra totale che mette a confronto uomo contro uomo, uomo contro demone e demone contro demone. Rifiutandosi di stare inattivo mentre l'Inferno sconvolge la nostra dimensione, il protagonista, armato soltanto della sua pistola, cerca un teletrasportatore nella giungla amazzonica e affronta l'Inferno da solo.