
Ang Shadow Complex ay ipinapakita sa 2.5D format; ang mundo ng laro ay ganap na three-dimensional, ngunit ang manlalaro ay maaari lamang gumalaw sa dalawang dimensyon, simulating ang kapaligiran ng isang classic side-scrolling na video game. Ang mga kaaway ay maaari naman, galawin sa anumang direksyon, at ginagamit ang auto-aim upang payagan ang manlalaro na mag-shoot sa malapit na mga kaaway o mga bagay, pareho sa loob at labas ng 2D plane. Ang manlalaro ay maaaring gamitin ang kanilang right control stick upang aim gamit ang isang laser sight. Ang gameplay sa Shadow Complex ay binuo mula sa Super Metroid at Castlevania: Symphony of the Night. Ang gameplay ay kumuha ng maraming mga ideya mula sa Metroid: ang manlalaro ay maaaring galawin ang mundo ng laro nang libre, pumatay ng mga kaaway gamit ang iba't ibang mga sandata, at habang sila ay nagawa ang mga hamon, sila ay makakakuha ng mga bagong kakayahan at sandata na pahihintulot sa kanila na maabot ang mga bagong lugar. Ang laro ay nagbibigay ng experience points sa manlalaro habang sila ay nagawa ang kanilang mga layunin at pumatay ng mga kaaway. Ang manlalaro ay maaaring makakuha ng experience level, bawat level ay nagpapalakas ng mga pangunahing katangian ng karakter. Ang mga experience level ay nagbibigay ng mga kasanayan tulad ng mas mahusay na accuracy ng gunfire o damage resistance. Ang mga espesyal na premyo tulad ng pag-reveal ng buong mapa at unlimited special ammo ay ibinibigay sa mga tiyak na level. Kapag ang manlalaro ay nagsimula ng isang bagong laro, sila ay mawawala sa lahat ng mga sandata at item na kanilang nakamit, ngunit mananatili sila sa character's experience level at anumang benepisyo na kanilang natanggap mula sa karanasan. Sa karagdagan sa pangunahing kampanya, ang ilang mga challenge level, tinatawag na "Proving Grounds", ay magagamit, kadalasan ay nangangailangan sa manlalaro na makarating sa exit ng isang room gamit ang limitadong hanay ng mga item at health. Ang mga manlalaro ay pinangungunahan batay sa oras ng pagkumpleto at anumang scoring objectives kapag sila ay nagawa ang level. Ang mga score at iba pang estadistika mula sa pangunahing kampanya at training group ay sinusundan sa pamamagitan ng online leaderboards. Ang isang remastered version at port ay inanunsiyo noong 215 Game Awards, upang ilabas para sa PS4, Xbox One, PC.
| X360 | Agosto 19, 2009 |
| PC | Disyembre 3, 2015 |
| XONE | Marso 16, 2016 |
| PS4 | Mayo 3, 2016 |
