
Shadow Complex 2.5D formatında sunulmaktadır; oyun dünyası tamamen üç boyutludur ancak oyuncu sadece iki boyutta hareket edebilir klasik bir yandan kayan video oyununun ortamını simüle eder. Ancak düşmanlar her yönde hareket edebilir ve 2D düzlemi içinde ve dışında yakın düşmanlara veya nesnelere ateş etmek için oto hedefleme kullanılır. Oyuncu lazer hedefleme ile sağ kontrol çubuğunu kullanabilir. Shadow Complex'taki oyun mekaniği Super Metroid ve Castlevania: Symphony of the Night'ten esinlenmiştir. Oyun mekaniği Metroid'ten birçok şey alır: oyuncu geniş oyun dünyasında özgürce hareket edebilir düşmanları çeşitli silahlarla yenebilir ve zorlukları aşarken yeni alanlara ulaşmalarına olanak tanıyan yeni yetenekler ve silahlar kazanırlar. Oyuncuya hedefleri tamamlamaları ve düşmanları yenebilmeleri karşılığında deneyim puanları verilir. Oyuncu deneyim seviyeleri kazanabilir her seviye karakterin temel özelliklerini artırır. Bu deneyim seviyeleri oyuncuya geliştirilmiş ateşleme hassasiyeti veya hasar direnci gibi beceriler verir. Tam harita gösterimi ve sınırsız özel mermi gibi özel ödüller belirli seviyelerde verilir. Oyuncu yeni bir oyun başlatırsa edindikleri tüm silahları ve eşyaları kaybederler ancak karakterin deneyim seviyesini ve bu seviyeden elde edilen tüm avantajları korurlar. Ana kampanyaya ek olarak genellikle sınırlı sayıda eşya ve sağlıkla bir odayı çıkışa kadar geçmeniz gereken "Proving Grounds" adında zorluk seviyeleri mevcuttur. Oyuncular seviyeyi tamamladıklarında tamamlama süresine ve skor hedeflerine göre sıralanırlar. Ana kampanya ve antrenman grubundan elde edilen puanlar ve diğer istatistikler çevrimiçi sıralamalar aracılığıyla takip edilir. 215 Game Awards sırasında yeniden düzenlenmiş bir sürüm ve portu PS4 Xbox One ve PC için çıkacak şekilde duyuruldu.
| X360 | 19 Ağustos 2009 |
| PC | 3 Aralık 2015 |
| XONE | 16 Mart 2016 |
| PS4 | 3 Mayıs 2016 |
