
Shadow Complexは2.5D形式で展開される。ゲームの世界は完全に3Dだが、プレイヤーは2次元的にしか移動できず、古典的な横スクロールアクションゲームの環境をシミュレートしている。一方で敵キャラクターはあらゆる方向に移動でき、プレイヤーは2Dの平面内やその外側にいる敵やオブジェクトに対して、オートアタック機能を使って攻撃することができる。プレイヤーは右のコントローラーでレーザービームを照準し、攻撃を仕掛けることができる。Shadow Complexのゲームプレイは、Super MetroidやCastlevania: Symphony of the Nightからインスピレーションを受けている。ゲームプレイはMetroidの要素を取り入れており、プレイヤーは広大なゲームワールドを自由に移動し、さまざまな武器を使って敵を倒すことができる。挑戦を乗り越えることで、新たな能力や武器を手に入れ、それを使って新たなエリアに到達できるようになる。 プレイヤーは目的を達成したり敵を倒したりすることで経験値を獲得する。経験値を積み重ねることでレベルアップし、各レベルごとにキャラクターの基本的な属性が向上する。この経験値レベルによっては、銃撃の精度向上やダメージ耐性などのスキルが得られる。特定のレベルに達成すると、マップの全体表示や特殊弾薬の無限供給などの特別な報酬が得られる。新しいゲームを開始すると、プレイヤーはこれまでに獲得した武器やアイテムをすべて失うが、キャラクターの経験値レベルやそれによって得られた恩恵は維持される。 メインストーリーに加えて、「Proving Grounds」と呼ばれる挑戦モードも用意されており、プレイヤーは限られたアイテムやヒーローを使って部屋の出口に到達する必要がある。レベルをクリアした際には、所要時間や得点目標などの要素をもとにプレイヤーのランクが決まる。メインキャンペーンやトレーニングモードのスコアや統計データは、オンラインのリーダーボードを通じて記録される。 リマスター版および移植版の発表は2015年のゲームアワードで行われ、PS4、Xbox One、PC向けにリリースされる予定である。
| X360 | 2009年8月19日 |
| PC | 2015年12月3日 |
| XONE | 2016年3月16日 |
| PS4 | 2016年5月3日 |
