
Shadow Complex được trình bày dưới định dạng 2.5D; thế giới trò chơi là hoàn toàn ba chiều, nhưng người chơi chỉ có thể di chuyển trong hai chiều, mô phỏng môi trường của một trò chơi video cuộn ngang cổ điển. Tuy nhiên, kẻ địch có thể di chuyển theo bất kỳ hướng nào, và tính năng ngắm tự động được sử dụng để cho phép người chơi bắn vào kẻ địch hoặc vật thể gần đó, cả bên trong lẫn bên ngoài mặt phẳng 2D. Người chơi có thể sử dụng tay cầm điều khiển bên phải để ngắm bằng ống ngắm laser. Cách chơi trong Shadow Complex được cảm hứng từ Super Metroid và Castlevania: Symphony of the Night. Cách chơi vay mượn nhiều ý tưởng từ Metroid: người chơi có thể tự do di chuyển trong thế giới trò chơi rộng lớn, đánh bại kẻ địch bằng nhiều loại vũ khí khác nhau, và khi vượt qua các thử thách, họ sẽ nhận được các kỹ năng và vũ khí mới giúp họ tiếp cận các khu vực mới. Trò chơi thưởng cho người chơi các điểm kinh nghiệm khi họ hoàn thành các mục tiêu và đánh bại kẻ địch. Người chơi có thể đạt cấp độ kinh nghiệm, mỗi cấp độ tăng cường các thuộc tính cơ bản của nhân vật. Các cấp độ kinh nghiệm này trao cho người chơi các kỹ năng như độ chính xác bắn súng tốt hơn hoặc khả năng chịu sát thương. Các phần thưởng đặc biệt như hiển thị bản đồ đầy đủ và đạn đặc biệt không giới hạn được trao ở các cấp độ cụ thể. Khi người chơi bắt đầu một trò chơi mới, họ sẽ mất tất cả các vũ khí và vật phẩm đã thu thập, nhưng sẽ giữ lại cấp độ kinh nghiệm của nhân vật và các lợi ích đã nhận từ cấp độ đó. Ngoài chiến dịch chính, một số cấp độ thử thách, được gọi là "Proving Grounds", cũng có sẵn, thường yêu cầu người chơi phải đến cửa ra của một căn phòng bằng một bộ giới hạn các vật phẩm và lượng máu nhất định. Người chơi được xếp hạng dựa trên thời gian hoàn thành và các mục tiêu điểm số khi họ hoàn thành cấp độ. Các điểm số và thống kê khác từ chiến dịch chính và các cấp độ huấn luyện được theo dõi thông qua bảng xếp hạng trực tuyến. Một phiên bản nâng cấp và phiên bản port đã được công bố trong Game Awards 2015, sẽ được phát hành cho PS4, Xbox One, PC.
| X360 | 19 tháng 8, 2009 |
| PC | 3 tháng 12, 2015 |
| XONE | 16 tháng 3, 2016 |
| PS4 | 3 tháng 5, 2016 |
