
Shadow Complex виконаний у форматі 2.5D; геймплейний світ є повністю тривимірним, але гравець може рухатися тільки в двох вимірах, імітуючи середовище класичної бічної прокрутки відеоігри. Проте вороги можуть рухатися в будь-якому напрямку, і використовується автоматична прицілка, щоб дозволити гравцю стріляти у близьких ворогів або об'єкти як всередині, так і поза межами 2D площини. Гравець може використовувати правий джойстик, щоб прицілюватися з лазерною ціловою лінією. Геймплей Shadow Complex був вдихновлений Super Metroid і Castlevania: Symphony of the Night. Геймплей бере багато елементів від Metroid: гравець може вільно рухатися по розлогому геймплейному світу, перемагаючи ворогів різноманітною зброєю, і, подолавши випробування, отримує нові здібності та зброю, які дозволяють досягати нових місць. Гра винагороджує гравця досвідом, коли він виконує завдання та перемагає ворогів. Гравець може отримувати рівні досвіду, кожен рівень підвищує базові характеристики персонажа. Ці рівні досвіду дозволяють гравцю отримати навички, такі як покращена точність стрільби або стійкість до пошкоджень. Спеціальні винагороди, такі як розкриття повної карти та необмежений спеціальний боєприпас, вручаються на певних рівнях. Коли гравець починає нову гру, він втрачає всі зброю та предмети, які він здобув, але залишає рівень досвіду персонажа та будь-які переваги, які він вже отримав з цього досвіду. Крім основної кампанії, доступні кілька рівнів випробувань, які називаються "Proving Grounds", як правило, вимагаючи від гравця досягти виходу з кімнати, використовуючи обмежений набір предметів і здоров'я. Гравців ранжують за часом виконання та за будь-якими цілями підрахунку балів, коли вони завершують рівень. Результати та інші статистичні дані з основної кампанії та тренувальної групи відстежуються через онлайн-таблиці лідерів. Вдосконалена версія та порт були оголошені під час 215 Game Awards, щоб вийти для PS4, Xbox One, PC.
| X360 | 19 серпня 2009 р. |
| PC | 3 грудня 2015 р. |
| XONE | 16 березня 2016 р. |
| PS4 | 3 травня 2016 р. |
