
Shadow Complex는 2.5D 형식으로 제시된다. 게임 세계는 완전히 3차원이지만, 플레이어는 2차원으로만 이동할 수 있어, 고전적인 사이드 스크롤링 비디오 게임의 환경을 시뮬레이션한다. 그러나 적들은 어떤 방향으로든 이동할 수 있으며, 자동 조준 기능을 통해 플레이어는 2D 평면 안팎의 가까운 적이나 물체를 사격할 수 있다. 플레이어는 오른쪽 컨트롤 스틱을 사용하여 레이저 시야로 조준할 수 있다. Shadow Complex의 게임플레이는 Super Metroid와 Castlevania: Symphony of the Night에서 영감을 받았다. 이 게임플레이는 Metroid에서 많은 영향을 받는다. 플레이어는 다양한 무기로 적을 물리치며 방대한 게임 세계를 자유롭게 이동할 수 있고, 도전 과제를 극복함에 따라 새로운 능력과 무기를 얻어 새로운 지역에 도달할 수 있게 된다. 플레이어는 목표를 달성하고 적을 물리칠 때 경험치를 얻는다. 플레이어는 경험치를 통해 레벨을 올릴 수 있으며, 각 레벨은 캐릭터의 기본 능력을 향상시킨다. 이러한 경험치 레벨은 플레이어에게 화력 정확도 향상이나 피해 저항 같은 기술을 제공한다. 특정 레벨에서 전체 지도 공개나 무제한 특수 탄약 같은 특별 보상도 제공된다. 플레이어가 새 게임을 시작하면 획득한 무기와 아이템은 모두 잃지만, 캐릭터의 경험치 레벨과 그 경험치로 이미 얻은 이점은 유지한다. 메인 캠페인 외에도, "Proving Grounds"라고 불리는 다양한 도전 레벨이 제공된다. 일반적으로 이 레벨에서는 제한된 아이템과 체력을 사용하여 방의 출구에 도달해야 한다. 플레이어는 레벨을 클리어한 시간과 점수 목표에 따라 순위를 매긴다. 메인 캠페인과 훈련 모드의 점수 및 기타 통계는 온라인 랭킹 차트를 통해 추적된다. 재마스터 버전과 포트는 215 게임 어워드에서 발표되어, PS4, Xbox One, PC로 출시될 예정이다.
| X360 | 2009년 8월 19일 |
| PC | 2015년 12월 3일 |
| XONE | 2016년 3월 16일 |
| PS4 | 2016년 5월 3일 |
