
Shadow Complex prezentowany jest w formacie 2,5D; świat gry jest w pełni trójwymiarowy, ale gracz może poruszać się jedynie w dwóch wymiarach, symulując środowisko klasyki gry z boku. Przeciwnicy mogą jednak poruszać się w dowolnym kierunku, a automatyczne celowanie pozwala graczowi strzelać w pobliżu znajdujących się wrogów lub obiektów zarówno wewnątrz, jak i poza 2D płaszczyzną. Gracz może używać prawego joysticka do celowania za pomocą lasera. Rozgrywka w Shadow Complex była inspirowana Super Metroid i Castlevania: Symphony of the Night. Rozgrywka wzięła wiele wskazówek z Metroid: gracz może swobodnie poruszać się po rozległym świecie gry, pokonując wrogów różnymi bronią, a pokonując wyzwania zdobywa nowe umiejętności i broń, które pozwalają mu dotrzeć do nowych miejsc. Gra nagradza gracza punktami doświadczenia za ukończenie celów i pokonanie przeciwników. Gracz może zdobywać poziomy doświadczenia, z których każdy zwiększa podstawowe atrybuty postaci. Te poziomy doświadczenia pozwalają graczowi zdobyć umiejętności, takie jak poprawa precyzji strzałów lub odporność na obrażenia. Specjalne nagrody, takie jak odkrycie pełnej mapy i nieograniczone amunicje specjalne, są przyznawane na określonych poziomach. Gdy gracz zaczyna nową grę, traci wszystkie zdobyte broni i przedmioty, ale zachowuje poziom doświadczenia postaci oraz korzyści, które już z niego wyniosła. Oprócz kampanii głównego, dostępne są liczne poziomy wyzwania, zwane "Proving Grounds", zwykle wymagając graczowi dotarcia do wyjścia pokoju za pomocą ograniczonego zestawu przedmiotów i zdrowia. Gracze są oceniani na podstawie czasu ukończenia i punktacji celu, gdy ukończą poziom. Wyniki i inne statystyki z kampanii głównej i grupy treningowej są śledzone za pomocą tabel wyników online. Remaster i port został ogłoszony podczas 215 Game Awards, do wydania na PS4, Xbox One, PC.
| X360 | 19 sierpnia 2009 |
| PC | 3 grudnia 2015 |
| XONE | 16 marca 2016 |
| PS4 | 3 maja 2016 |
